Martín nació en Lima, capital del Perú, el 9 de Diciembre de 1579. Sus padres fueron Juan de Porres, español de Burgos, Gobernador de Panamá y Ana Velázquez, de raza negra e india. Del noble español, y de la "negrita" Ana nació otra niña dos años después, Juanita. A corta edad Martin empezó a trabajar para el barbero-dentista D. Manuel Rivero en Lima. Todos los dias antes de ir a trabajar, Martin ayudaba en Misa, pasando largos ratos de oración al anochecer; oculto en su propia habitación
Poco tiempo despues, Martín se dirigió a los Dominicos, en el Convento del Santo Rosario donde ofreció servir como criado sin paga. La virtud de Martin era tan notable que, nueve años después, a petición del Superior y por obediencia, ya profesaba como Hermano y vistió el hábito de fraile. Martín era el limosnero del convento y de la ciudad, multiplicando las limosnas para los pobres: comida, ropa, monedas, la fundación del centro para los niños huérfanos y discretamente llegaba hasta las familias "vergonzantes". Por mantenerse en humildad, Martin llego a ofrecerse en venta como esclavo.
Martin murió el 3 de noviembre de 1639, de paludismo. El Papa Juan XXIII lo canonizó el día 6 de Mayo de 1692. Con tan solemne ocasión escribió: "Martín excusaba las faltas de otro. Perdonó las más amargas injurias, convencido de que el merecía mayores castigos por sus pecados. Procuró de todo corazón animar a los acomplejados por las propias culpas, confortó a los enfermos, proveía de ropas, alimentos y medicinas a los pobres, ayudó a campesinos, a negros y mulatos tenidos entonces como esclavos. La gente le llama "Martín, el bueno"